对清政府的指责，康有为多次矢口否认，反说是袁世凯的离间计。1908年，他在《上摄政王书》中说：

戊戌春夏之交，先帝发愤于中国之积弱，强邻之侵凌，毅然维新变法以易天下。其时慈宫意旨所在，虽非外廷所能窥伺，就令两宫政见小有异同，而慈孝感召之诚，终未尝因此而稍杀。自逆臣世凯无端造出谋围颐和园一语，阴行离间，遂使两宫之间常有介介，而后此事变遂日出而不穷，先帝所以备历艰险以迄今日，实维此之故。

康有为这封信的主旨在于说明光绪“仁孝”而西太后“慈”，因此说了许多违心的话，如所谓“慈孝感召之诚”云云，即是自欺欺人的谎言。康有为进一步声称：“推袁世凯所以造出此无根浮言之故，全由世凯受先帝不次之擢，其事颇为廷臣所属目，而盈廷汹汹，方与新政为难，世凯忽生自危之心，乃幻出此至狠极毒之恶谋，如俗谚所谓苦肉计者以自求解免，此戊戌冤狱之所由起也。”康有为的这段话实在没有多少说服力。袁世凯为了自求解免，向荣禄、西太后邀宠，出面告密就可以了，何必一定要造出“谋围颐和园”一类的谣言来呢？须知，一经查实没有此事，袁世凯的欺诳之罪也不会很小。老奸巨猾的袁世凯不会这么干的。

然而，“谋围颐和园”一说确实出于袁世凯。他的《戊戌日记》对谭嗣同夜访有详细的记载，内称：

(谭)因出一草稿，如名片式，内开荣某谋废立弑君，大逆不道，若不速除，上位不能保，即性 命亦不能保。袁世凯初五请训，请面付朱谕一道，令其带本部兵赴津，见荣某，出朱谕宣读，立即正法。即以袁某代为直督，传谕僚属，张挂告示，布告荣某大逆罪状，即封禁电局铁路，迅速载袁某部兵入京，派一半围颐和园，一半守宫，大事可定。如不听臣策，即死在上前各等语。予闻之魂飞天外，因诘以“围颐和园欲何为？”谭云：“不除此老朽，国不能保。此事在我，公不必问。”

袁世凯自认，是他向荣禄告密的。袁在日记中称，他写这篇日记，是为了“交诸子密藏”，“以征事实”。当然，袁世凯为人阴险奸诈，他的话不能轻信，必须以其他材料验证。