会议第一天，毛泽东、王稼祥、王明、康生、周恩来、朱德、彭德怀、博古、刘少奇、陈云、项英、张闻天被选举为全会主席团成员。

10月12日至14日，毛泽东代表中共中央向六中全会作《论新阶段》的政治报告。报告共包括八个部分：一、五中全会到六中全会；二、抗战15个月的总结；三、抗日民族统一战争与抗日民族统一战线发展的新阶段；四、全民族的当前紧急任务；五、长期抗战与长期合作；六、中国反侵略战争与世界反法西斯运动；七、中国共产党在民族战争中的地位；八、党的第七次全国代表大会。

11月5日、6日两天，毛泽东在六届六中全会上作结论，着重讲了统一战线中的独立自主问题、战争和战略问题。他说：“为了长期合作，统一战线中的各党派实行互助互让是必需的，但应该是积极的，不是消极的。”他批评“一切经过统一战线”的口号。“中国的情形是国民党剥夺各党派的平等权利，企图指挥各党听它一党的命令。

我们提这个口号，如果是要求国民党‘一切’都要‘经过’我们同意，是做不到的，滑稽的。如果想把我们所要做的‘一切’均事先取得国民党同意，那么，它不同意怎么办？国民党的方针是限制我们发展，我们提出这个口号，只是自己把自己的手脚束缚起来，是完全不应该的。”

对于王明本人，毛泽东采取温和同志式的帮助态度，希望他能改正错误。毛泽东说王明在全会上已表示“完全同意各报告”，“王明在部分问题中说的有些不足或说得过多一点，这是在发言中难免的，这些问题已弄清楚了。王明在党的历史上有大功，对统一战线的提出有大的努力，工作甚积极，他是主要的负责同志之一，我们应原谅之。”

对历史上处理干部问题中的错误决定，毛泽东提出“应予平反”。他说：对萧劲光公审和开除党籍是“岂有此理”；对瞿秋白、何叔衡等的处罚“皆不妥当”；对邓小平的打击“亦应取消”；对陈毅、曾山、张鼎丞等所受的批评、处罚“皆应取消”；四方面军犯过错误的同志应与张国焘有区别；博古、罗迈只要承认错误“则无问题”。等等。