维伦纽夫继续比赛获得了冠军，舒马赫却被国际汽联取消了成绩。1998年，法拉利赛车的可靠性能加强。虽然赛季一开始迈凯轮车队占据了领先的地位，但是舒马赫并未放弃，赢得了6个分站的比赛。在最后的角逐中，舒马赫虽然获得首发位置但起跑并不理想，随后又在比赛中爆胎，从而第三次失去了夺冠的机会。

1999年，由于英国站中途的比赛发生了撞断脚的意外，最终只取得44分，列总成绩第4，当年最后两站的比赛中重回赛场。为法拉利车队夺得了自1983年以来的第一个年度车队冠军。2000赛季，埃尔文加盟美洲虎车队，舒马赫开始与巴里切罗搭档。

这个赛季成为舒马赫赛车生涯中最辉煌的赛季。虽然赛季中段的一些失误使舒马赫领先迈凯轮车手的优势大大缩小，但舒马赫夺冠的决心并没有动摇。在倒数第二站日本铃鹿站的比赛后，舒马赫赢得了他的第三个世界冠军并为法拉利车队夺得21年来首个年度车手冠军。

在最后一站马来西亚站中的比赛后，他还为法拉利车队赢得了年度车队冠军。同年，为法拉利车队夺得了21年以来首个车手总冠军，同时也夺得了车队总冠军2001年，法拉利车队和舒马赫从第一站澳大利亚站的比赛到最后一站日

本站的比赛一直占优。在17站的比赛中，舒马赫打破了无数的纪录，并在倒数第5站匈牙利站的比赛中提前赢得了他的第四个世界冠军。他现在是赢得大奖赛冠军次数最多的纪录保持者，超过了阿兰·普罗斯特的51次分站冠军，以及胡安·曼纽尔·方吉奥的五个世界冠军的纪录。