在花园口决堤后，浩浩荡荡黄河水有效地阻挡了日本侵略军的陆上攻击，有7000多人被溺死，一部分日本侵略军被中国军队包围歼灭，日本侵略军在陇海线两边向武汉入寇，国民党以水代兵、以黄制敌的对策初见成效。

可是，这件事也造成了黄河的严重改道，给鄂、豫、皖四十四个县的老百姓带来了极严重的灭顶之灾。根据相关历史记述，因为黄河改道，竟淹了豫、皖、苏三省44个县，有54000平方公里的陆地被淹没在水中，89万老百姓溺亡，使1200万人流离失所。河南省地区十多个县，淹没五千六百多个村子，九百多平方公里土地被淹，溺死43万余人，沦为乞讨者90万人，数百里内哭喊之声震天，形成一个难以想象的黄泛区！

花园口决堤作为一项事关全局的军事手段，一旦泄露，不但会影响人心和士气，也会严重影响国民党政府的形象。1938年6月11日，国民党当局密电驻洛阳第一战区司令程潜，"必须向老百姓宣传，是日本飞机摧毁了黄河堤"。接着，国民党中央通讯社发布了日本侵略军狂轰滥炸黄河河堤的消息。《申报》《大公报》等中国各大报刊对日本侵略军滔天罪行进行了强烈谴责。花园口决堤的消息迅速吸引住了全球的目光，一时间，路透社和美联社对日本侵略军这一滔天罪行基本上是一致的强烈谴责暴行。日方不遗余力辩驳国民党所宣传的内容，日本广播电台、报刊统一口径，一致否认，说是中方诬陷日本。两边各持己见，外界无法分辨。因此，有一些新闻记者要求到决堤现场考察采访，想弄清楚真相。

国民党政府部门已经预见到决堤后的社会各界反应，早就在6月9日花园口决堤进行之时，即命令军队将决口附近的小龙王庙、民房、树木等摧毁，制造日本侵略军摧毁黄河河堤的现场。在新闻记者要求到花园口进行现场采访时，决堤的军队又收到命令，编出日机轰炸的材料，制造出日本侵略军狂轰滥炸以致决堤的假象。

有关花园口决堤的事实真相，国民党当局三缄其口，在撤到台湾后仍始终坚持日机轰炸的说法。但决堤的事实真相伴随着时间的流逝渐渐显露。董显光，曾任国民党宣传部部长，在所著的书中写道：

日本进攻郑州…中国方面对日本侵略军入寇，早有预见，我方将郑州的黄河堤摧毁，以浩浩荡荡之水抵抗入侵之敌，敌猝不及防，数千人为水所截，致遭淹死。