当时，林彪正准备与国民党军的战斗，总部缺少电台，便想到陈光那里有合适的电台。于是他下命令要调取电台，没想到陈光居然抗命，把电台给扣下了。此事让林彪非常恼火，一向公事公办的林彪没有顾及到俩人的关系，直接公开批评了陈光。

自此，俩人之间的关系出现了问题。随后在东北的一系列战斗中，陈光虽然表现非常不错，但他更多的时间都在挨批。由于自己这些年的职位问题，身边许多原本比自己低很多，或者是在自己手下的人，现在都要超过他了。

而这无疑让陈光更加不满意，于是他开始频繁出现抗命的情况，经常不听总部的命令，擅自调动部队作战。即便如此，林彪还是给了他不错的待遇，一度把他从诸多的将领中提拔起来，负责精锐的6纵。

可惜陈光的性格问题较大，导致他在6纵没能干得更久。自此，陈光在军中的位置逐渐被边缘化，并且心理问题就越来越多。随后，四野入关一直到南下的诸多战斗中，陈光与周围人的矛盾不断加剧。他又在许多重要的事情上抗命，让林彪心里更加不满，自此俩人之间的关系破裂。

不过，与林彪之间的矛盾，并没有导致陈光遇到更大的麻烦。只是陈光长期的性格缺陷，让他在党内的名声并不好，这使得他在建国后，并没有受到重用。自己在部队里的职位一直都不是特别高，越来越多他原本的下属超过了他。

可即便如此，陈光在党内的贡献是不会被忽视的，然而他的性格缺陷，又为他惹出了一件更大的事情。

在与东北局矛盾激化后，陈光被调至了广东。当时南部刚刚平定，部队除了要打仗之外，还要维护当地的秩序，重建市场。陈光作为军人，有许多事情不太会处理，尤其是一些事情还涉及到港澳地区。