吴应麒的处境要比吴应熊好很多，在吴三桂起兵后，立刻被任命为金吾后将军。在此期间，吴应麒曾提出过一个大胆的想法，先假意配合撤藩，将队伍拉到中原腹地，再伺机起兵，则可迅速直逼京城。

这个计划最终未得到实施，主要是因为马宝、胡国柱等人的短视，错过了这次机会。当然，这样的做法风险极高，有点置之死地而后生的意味，若是不知道最终失败的结局，如此险招在当时也很难被采用。

一计不成之下，次年三月初，吴应麒率领马宝，与张国柱联手，向湖南军事重镇岳州水陆并进。当时岳州的守将是李国栋，他见叛军势大，恐怕难以抵挡，接受了吴应麒的策反，令吴应麒等人兵不血刃就得到了岳州。

消息传至吴三桂耳中，令他大为高兴，命吴应麒率七万大军镇守岳州，防止驻扎在荆州的清兵对岳州发起反攻。岳州乃战略要地，失去岳州对清朝廷十分不利，正如吴三桂所料，清朝大军很快向岳州发起反攻，企图重掌岳州。

但吴三桂早已派出重兵守卫，又嘱咐吴应麒坚守不出。清兵虽然势众，在攻打岳州时占了一些便宜，但战场始终被吴军控制在外围水域，清兵虽然苦战，却无法危及到岳州，最终只能无功而返。

吴应麒镇守岳州期间，也算是守城有功，但总体而言，能够击退清兵主要还是依赖城坚兵精，吴应麒发挥的作用其实并不大。但他毕竟是吴三桂的儿子，吴三桂失去了吴应熊，自然有心培养吴应麒。

1678年，吴三桂称帝后，吴应麒被封为大将军，深得吴三桂器重。不过，无论是吴三桂称帝，还是封吴应麒为大将军，都不是明智之举。

吴三桂自己登基称帝，也就意味着他此前所竖的“反清复明”旗号是假的，他只不过是借此为吴家谋利，压根就没想过光复明朝。此举令许多真正想反清复明的志士们心灰意冷，战斗意志不再强烈，甚至开始有人脱离吴三桂。

吴三桂封吴应麒为大将军，更有任人唯亲之嫌。在吴应麒出任大将军之前，方光琛就劝诫过吴三桂，吴应麒这个人性格有缺陷，容易狂妄自大，不能重用。吴三桂听到这话以后，赞同了方光琛的观点，但在事后的表现来看，他对方光琛的话是一个字也没听进去。

在吴应麒的真实身份被揭露出来以前，很多人不理解，吴三桂为何对吴应麒这个侄子如此器重？事实上，吴三桂也很无奈，他对儿子吴应麒的全力栽培，都只是一厢情愿而已，正如方光琛所言，他的这个儿子，根本就不成器。