吴应麒成为大将军以后，妄自尊大的毛病很快就显露出来，不尊重下属，克扣士兵粮饷，甚至将吴三桂拨给他的军饷给自私贩卖了。时间久了，吴应麒的威信急剧下滑，水师将领林兴珠等人，甚至因为受不了吴应麒，竟然转投到清朝廷那边。

吴应麒显然没有继承他父亲吴三桂的智商，面对清朝廷对他使用的离间计，他一个都没错过，导致岳州人心惶惶，众叛亲离。他不仅没有意识到问题的严重性，还高喊“宁可错杀，不可放过”的口号，致使不少人蒙冤入狱。

他的荒唐行为，逐渐连岳州百姓也看不下去，一首民谣在民间逐渐传播开来，表达出当时岳州人民对他的不满：

“吴应麒，吴应麒，杀了你献康熙。”

除此之外，吴三桂起兵后，王辅臣没有率兵响应，而是选择将吴三桂拉他一起造反的信送给康熙，这件事也与吴应麒不无关系。

当年王辅臣与吴三桂关系非常亲密，平日里称兄道弟，只因吴应麒与王辅臣不和，在吴三桂与王辅臣之间制造矛盾，令王辅臣感到憋屈，这才离吴三桂而去。

被蒙在鼓里的吴三桂此前对王辅臣花费巨资进行拉拢，当得知他要离开时，还拿出2万两白银送给他。可惜，吴三桂的苦心全都白费了，导致事后王辅臣倒向康熙。

吴应麒的无能表现，已经到了百姓都知道的地步，吴三桂又岂能不知道呢？他对这个不争气的儿子也很失望，死前没有将皇位传给吴应麒，而是传给自己的皇太孙吴世璠，就是重要的表现之一。

吴世璠继位后，吴应麒被晋封为楚王。但对于当时的局势来看，这个楚王的封号注定是享受不久了。败局已定的吴军在岳州已经站不住脚，吴应麒见形势不妙，率军撤出岳州，向长沙进发。

进抵长沙以后，吴应麒仍不放心，继续退守辰龙关。即便如此，吴军的处境仍然岌岌可危，吴应麒退至辰龙关不久，便迫不得已再次撤往贵州。此后，吴军频频撤退，直至退到昆明，处于退无可退的困境。