针对宗教界的大清洗同时展开，规模更为庞大和血腥，手段更为粗暴野蛮。内务部抓“喇嘛反革命集团”的逻辑是，如果你是学生，那么你的老师肯定就是同谋，若你是老师，你的学生亦同谋，宗教界师生关系盘根错节，所有僧侣皆可被打成反革命。

前来指导大清洗的苏联总顾问格鲁伯奇克1938年8月向斯大林报告：“到7月20日，771座寺院已有615个变成废墟，仍在运转的仅有26座，8。5万名喇嘛仅留下17338人，这些人还未逮捕，对中高层喇嘛我们将在下一阶段战役中全部解决。”

大清洗期间两个特殊机构凌驾于一切党纪国法和党政军机构之上，一个是非常委员会，作为最高军事法院;一个是特别委员会，是最高法院。至1939年4月，两个委员会卷宗显示，共判处29198人为反革命罪，其中仅非常委员会查办的25785个政治案件，已作出判决的卷宗显示，20099人被处决，5739人投入监狱。

宗教界的清洗，按标准定额，每个肃反人员一天办10个案子，超额完成者有奖。一个叫班扎拉格奇的肃反人员在摧毁一个寺庙的过程中，平均每天办案60个，成为“先进工作者”;另一位叫巴雅尔马格奈的肃反人员因一周办几百个案子，获得北极星勋章(蒙古给军功卓著者的奖励)。

内务部成员卢瓦桑萨姆丹1962年回忆，由于逮捕的僧侣太多，导致监狱拥挤不堪，每周会有一两次集体处决，每次用卡车一车车拉出去。

十月革命后，有很多哈萨克人、布里亚特蒙古人、塔塔尔人从苏俄逃入蒙古，斯大林对这些人怀恨在心，认为他们“逃避革命”，那也是另一种“反革命罪”，他下令乔巴山对他们实行清洗。蒙古2。1万哈萨克斯坦人被消灭了2000人;140个塔塔尔人只剩下4个;来自中国内蒙的汉蒙两族人士几乎未留下一个活口，其中还有内蒙人民革命党的成员。