处决“反革命”干部群众时，内务部强制党政军成员去观看，乔巴山表情木然，老实忠厚的总理阿玛尔脸上常挂着眼泪，这一切被“苏联专家”看到眼里。伏罗希洛夫向大清洗中乔巴山的副手，中央委员会书记——鲁布桑札布授意：得除掉阿玛尔。

阿玛尔已是蒙古高层剩下的最后一两个有声望的人，所以斯大林才在根登之后让他当总理装点门面，苏联专家们可以藏在“阿玛尔政府”幌子后面作恶。因此搞掉阿玛尔之前，莫斯科授意先发起宣传攻势弄臭他。

1939年3月阿玛尔以“反革命集团庇护者”等罪名遭逮捕，被押送到苏联“审判”，关押期间，苏联内务人民委员给他用尽了各种“非人酷刑”。1941年7月10日，特意选在了人民革命党建党日，宣布阿玛尔死刑。与阿玛尔一同被逮捕，送到苏联处决的还有蒙古当时的国家元首，创党元老，大呼拉尔主席团主席多格桑木。有趣的是，阿玛尔生命最后一段时光里，在狱中碰到了把他清洗掉的鲁布桑札布，但这次，鲁布桑札布不是来审问他的，而是与他成了狱友。

大清洗中到底有多少人被处决，现在难以得到精准数字。这种罪恶的事斯大林也认为见不得人，不会留下详细的“历史罪证”，当时亦不允许报道和研究，历史学者目前常引用的数字是3。6万至5万左右，但研究者认为3。6万这一数字远远被低估。

1939年末，乔巴山在笔记本里记下了这样一段工作总结：“到11月，共处决喇嘛20356人，600名是高级喇嘛，3174名是中级喇嘛，13120名是低级喇嘛，摧毁797座寺庙;在1937年和1939年之间，逮捕了56938人，其中20396被处决，被逮捕的人中有17335人是喇嘛”。(注：乔巴山的数字比苏联顾问的要高)

蒙古作为游牧社会，寺庙是少有的固定建筑，797座寺庙包含超过6000多栋古建筑，每座寺庙还是周边地区的经济、文化、教育中心，数百年所积累下的书籍、卷册、艺术品毁灭殆尽，寺庙的金银器皿被苏联搜刮而去，仅有首都乌兰巴托的甘丹寺被留存，但一直被关闭。