光绪二十四年，变法运动兴起，珍妃又是渴望独立自主的光绪的积极支持者。

“戊戌政变”后，慈禧将光绪、珍妃囚禁。侍奉珍妃的太监不是被处死，就是遭杖责、枷号等处分。当时光绪被囚禁在瀛台，而珍妃先是被囚禁在建福宫，后移至宁寿全宫景祺阁北头的东北三所，这是宁寿全宫最北边的一个院落。

这里就是所谓的“冷宫”。据清宫太监、宫女等说，东北三所和南三所，都是明朝奶母养老的地方。奶母有了功，老了，不忍打发出去，就在这些地方住。珍妃住北房三间最西头的屋子，屋门由外倒锁着。窗户有一扇是活的，饭菜、洗脸水都由下人从窗户递进去。珍妃吃的是普通下人的饭，也不许与下人接谈。一天倒两次马桶。屋外由两个老太监轮流监视，他们无疑都是老太后的人。

最苦的是遇到节日、忌日及初一、十五，老太监还要“奉旨申斥”，即代表老太后列数珍妃的罪过，当面指着鼻子训斥，珍妃则跪在地下敬听。申斥在午饭时分举行，完事以后，珍妃必须向上叩首谢恩。这是最严厉的家法了。

自杀或他杀？

有关光绪和珍妃被囚禁的生活，曾在慈禧身边生活过的德龄所著《瀛台泣血记》里有一节是“幽囚中的一对情人”，其中说：足足有两年工夫，光绪每晚从瀛台走往冷宫去探视珍妃，从没有间断过一天。

光绪、珍妃“幽会”，电影《清宫秘史》《李莲英》等都特别再现了这一情节。在后一影片中，珍妃甚至亲口对慈禧说出了“已经怀有龙子”的话，相当凄美感人。可惜这不是事实。

瀛台位于西苑，即今天的中南海，而珍妃的囚禁之地是在紫禁城内。清代紫禁城与西苑，都有严格的警卫制度，著名清宫史专家朱家溍先生在《故宫退食录》一书中，曾根据详尽的材料证明说：紫禁城各门按时上锁，钥匙上交，即使奉旨开门，也要合符验看，皇帝本人从西苑出来，要进紫禁城，若不事先传旨，也是进不去的。