660年，高宗出兵进攻百济，李义府决定借着唐军出兵百济的时候借刀杀人将刘仁轨害死。李义府让刘仁轨率军强行出海，路上遭遇恶劣天气损失惨重。李义府诬告刘仁轨，认为刘仁轨的“错误”导致了唐军船队的损失，应该杀掉刘仁轨。但唐高宗顶住了李义府的压力，只是免了刘仁轨的官职，并留在唐军内继续作战。

此后，李义府决定继续陷害刘仁轨，但都没能成功。

第三，打败日本有功让刘仁轨的人生步入巅峰。

661年，原百济国内的官员在日本的支持下发动轰轰烈烈的“百济复国运动”，威胁朝鲜半岛的安全。百济叛军大举进攻唐军将领刘仁愿坚守的于府城。刘仁轨率领军队和新罗军队一起支援刘仁愿，进攻百济叛军。在打退百济叛军后，刘仁轨部和城中的刘仁愿会和。在唐军名将苏定方指挥的军队进攻平壤久攻不下的情况下，刘仁轨希望能留在朝鲜半岛。

当时，唐高宗让刘仁轨到新罗，和新罗的金法敏共同商讨唐军去留的问题。刘仁轨上书朝廷，认为唐军应该留在朝鲜半岛。眼下平壤没有攻克，熊津放弃，那百济就会死灰复燃。消灭高句丽的时间就遥遥无期了。朝廷官员对刘仁轨的局势判断交口称赞，刘仁轨派出新罗军队进攻百济叛军驻守的真岘城。百济国王扶余丰向日本求援。日本和唐朝的碰撞将在朝鲜半岛上演。

百济和日本的勾结由来已久，高句丽出兵进攻百济，百济就希望日本出兵帮助其打败高句丽。日本为了实现称霸朝鲜半岛的野心，于公元660年、661年和663年3次出兵朝鲜半岛，日军加起来的总兵力达到了39000人。到白江口海战爆发前，日本当局又出动10000人的部队支援驻朝鲜半岛日军。而当时的唐军，有刘仁愿指挥的9000唐军、孙仁师指挥的7000唐军。还有《册府元龟》记载的20000唐朝水军。唐朝和日本的决战一触即发。