桦山资纪是日本派往台湾的首任殖民总督，他就曾经在施政方针训示中明确指出：“台湾乃是帝国的新版图，未浴皇化之恩，加上岛东部由蒙昧顽愚之藩族割据。故今日人临该土地者虽须以爱育抚孚为主，使其悦服我皇覆载之仁，但亦要恩威并行，使所在人民不得生起狎侮之心。”

20世纪初，东乡实、伊藤四郎提出：“以将作为中华民族的台湾人同化于日本为其根本方针。”自此改造台湾人民的国民性，增强其对日本国家和天皇认同，并最终让台湾的中国人民成为日本天皇忠实子民的“皇民化运动”，成为了日本侵略者在台湾施行殖民统治一以贯之的方针政策。

其中，宗教日本化是皇民化运动的重要组成部分。

日本侵略者不但直接出资在台湾各地修建神社和设立敬神日，而且强行要求台湾居民奉祀神宫大麻及敬神如仪。

据1941年统计，台湾居民家中供奉的日本神像达739378尊，占其总户数的70％。相反，对于不同于日本的台湾本土宗教，当局则以宗教整理的名义进行打压，使台湾本土的寺庙、神像被大规模集中销毁。经过侵略者别有用心的宗教整理，台湾本土的宗教场所数目减少了约1／3。

第一个被消灭的对象是道教，其次是以斋教为代表的糅合宗教，而对佛教则采取了怀柔和改良的态度。这是因为前两者都是中国的本土宗教，日本侵略者的思路很清晰，如果人民的生活中仍然崇拜中国神，那么人们必然也就会遵从和保留儒释道的思想和生活习惯，这样台湾的老百姓永远不会成为日本的所谓“天皇之赤子”。

日本对于台湾中国本土宗教的态度也有一个关键性的转折期。