1959年，彭德怀因为在庐山会议上给毛泽东写信实事求是反映农村情况，被打成“右倾机会主义反党集团”，并被撤销国防部长等职务。接着召开军委扩大会议批斗他。会议规模、人数、形式，与当年批斗萧克时一模一样。只不过会议主持人由新任国防部长林彪代替了彭德怀，批斗对象由萧克换成了彭德怀，批斗火力很猛。

此情此景，让萧克心情十分复杂。一方面批斗彭德怀使萧克出了怨气；另一方面对党内搞阶级斗争，不讲道理、不分是非，把大批赞成、同情他思想的人，荒唐地扣上“右倾机会主义反党集团”“资产阶级军事俱乐部”等莫须有的罪名，残酷斗争，无情打击，斗来斗去。萧克深感痛心。

彭德怀被罢官后，对自己过去“左”的错误有了认识，并深感忏悔，生前曾嘱咐侄子彭起超在他死后一定要找到萧克代为道歉，转达他的原话：“1958年的事，让你们受苦了，对不起同志们！”

“文化大革命”后，萧克听了这话，心情非常激动，深感“彭老总不愧是一个真正的共产党员，光明磊落，坦坦荡荡。他既在自责，也是一个老革命家对党内斗争这个问题的深刻思考”。

粉碎“四人帮”后，中共中央拨乱反正，陈云提出为彭德怀平反昭雪，将其骨灰安放八宝山，萧克最先表示同意。当时很多人感到惊奇，而萧克认为对待任何事情都要采取历史唯物主义态度。不论彭德怀过去对自己怎么样，庐山会议批判他“右倾机会主义”，“文革”中又置他于死地，都是党内“左”倾错误造成的冤案。既是冤案，就该昭雪。

感到林彪有两个缺点