林明卿根本不知道，林彪1938年3月2日在山西身负重伤，1939年初赴苏联治伤，1942年2月才返回延安。回到延安的林彪听说家人逃难，曾托人四处打听。突然接到父亲电报，林彪心急如焚，他在延安自产草纸上写了几句诗：“严父来电急，呼救难途中，慈母死荒郊，他人无消息。”朱德看过后说：“太让人感伤了。”毛泽东得知，让周恩来办理。周恩来批示：“此事交刘少文(中共南方局交通处处长)办理。”刘少文请冯玉祥夫人李德全帮忙。李德全负责国民党救济总署的红十字会，专门安置难民，她派人在独山找了好多天，总算找到了。

林明卿在重庆度过了1944年的春节，6月坐卡车去延安，路上走了两三天。林彪和叶群骑马从王家坪出发，赶了一二十里路，早早在延安交际处门口等候。车队一停，穿灰军装背草帽的林彪眼睛就红了，迎上去把父亲林明卿搀扶下车，又搀扶他到交际处的餐厅。此时父子已有16年未见面了，听父亲林明卿讲一路的艰辛，母亲的死，林彪哗哗地流眼泪，林明卿也老泪纵横。

毛泽东、朱德、康克清、邓颖超等先后来看望林明卿。朱德专门下令林明卿吃特灶，想吃什么就吃什么。那时毛泽东才吃小灶，特灶就是延安的最高礼遇了。

林彪父子相聚也就一年多，1945年8月抗战胜利后，林彪奉命奔赴东北，林明卿及林彪姐姐林宝珠等留在延安。1947年他随党中央撤出延安，辗转到了西柏坡。北平和平解放后，叶群托罗荣桓把林明卿等带进北平。中央组织部安排林明卿住在安定门内北吉祥胡同8号，这是中央组织部招待所的四合院。因林彪小弟弟林向荣在太原战役牺牲，林明卿享受烈士家属待遇，每月领取生活费。