但是这艘原本三周便可以到达上海的轮船，却因为要躲避日本潜艇，几经周折，最终51天航行之后，他们才到达了香港九龙。但是也就在他们到达的当天，日本人偷袭了珍珠港，太平洋战争爆发。

香港也遭到了日本人的攻击，李景均和妻子克拉拉被迫滞留近两个月，因为只有旅行支票没有本币，他们更是要忍受极度饥饿。好在，此时在康奈尔读书时的朋友给了他500港元和大米，这才算勉强度日。但即便如此也并未浇灭他的爱国赤子之心，在与地下组织结识之后，他跋山涉水来到桂林。

即便此时的战火不断、自己的儿子刚刚出生，他也并未停下手中的教书育人、科研工作。先后在广西大学农学院、金陵大学任教，而此时战火之中诞生的儿子却在他前往重庆探望亲朋之时，患上了痢疾，最终眼睁睁的看着死在了自己的怀中。

这种切肤之痛，丧子之痛，却并未动摇他对祖国的赤子之心，反而更加坚定了他报效祖国的决心。在取得了抗日战争的胜利之后，他被邀请到北京大学农业院任教，在教职上兢兢业业的他很快便以此成为了北大最年轻的系主任。而且对于学术，他也曾未停止过上下求索，1948年时，《群体遗传学导论》诞生，这本书也奠定了他在群体遗传学上的地位，让他享誉世界，更是成为中国遗传学之父。

1949年新中国成立后，北大、清华、华北大学三校的农学院合并，成立北京农业大学，他作为遗传学领域的专家前往任教。

可惜的是，此时的中国遗传学领域却在经历一场灾难。在当时的遗传学领域，传统的孟德尔遗传学受到了打击，而造成这种境遇的便是“李森科-米丘林学说”在中苏两国的绝对地位的确立。