然而顾祝同却说：“你不要老是疑神疑鬼的，郭汝瑰非常忠实，业务办得很好。都是黄埔的学生，干嘛内斗？”

事后的发展证明，杜聿明无疑是对的。国民党中派系复杂，尔虞我诈，相互攻击是常有的事。为了致对方于死地，不惜给对方戴上“共谍”的高帽。这对于蒋介石、顾祝同来说，是司空见惯的。因此在顾祝同看来，这不过又是一次无聊的内部倾轧。

在淮海战役时， 蒋介石召杜聿明等人商议解围双堆集黄维兵团的计划。会议上，郭汝瑰说明了自己“守江必守淮”的方案。而杜聿明则当场呛声：“在这样河流错综复杂的湖沼地带，大兵团如何运动，你考虑了没有？”

目睹了杜聿明和郭汝瑰的争论，蒋介石沉思了一会，于是将杜聿明叫到了密室。杜聿明直截了当地告诉蒋介石：“郭汝瑰是共谍，我们绝不能再让他参与制定作战计划了。”

蒋介石回问：“你怀疑的理由呢？”

杜聿明则回答：“有一次我去郭汝瑰家，发现这位堂堂中将厅长，客厅的沙发上竟打着好几个补丁。我在国民党内已经算清廉了，郭汝瑰竟然比我还寒酸，他不是共产党是什么？”

不得不说，杜聿明虽然擅长指挥，但在政治上还是太幼稚。他的这一番话，触碰了蒋介石的逆鳞。蒋介石咆哮道：“难道革命军人就不能清廉吗？”

由此，杜聿明对郭汝瑰的指控就这样不了了之。话虽如此，但蒋介石还是多了个心眼。12月，杜聿明被围困在陈官庄。按照惯例，郭汝瑰在会议上向蒋介石提出建议。然而蒋介石既不愿意听，也不让郭听到他与空军司令王叔铭的谈话。只是问：“还有什么意见？”郭回答：“更无其他意见。”蒋介石就随意地说：“那么，你去吧！”郭汝瑰听后暗吃一惊，研究作战，为何不让作战厅长知道？

蒋介石虽然撇开了郭汝瑰，却没能阻止国民党军在淮海战役中的惨败，最怀疑的郭汝瑰的杜聿明，也兵败被俘。然而就在这个时候，郭汝瑰的命运却急转直下。

淮海战役后，郭汝瑰照例将国民党的绝命作战计划交给了任廉儒，让他立即转交共产党地下党负责人。然而不巧的是，任廉儒的上级在上海，这样绝密的文件，不能冒险带到上海。于是任廉儒和同僚一商议，决定将文件交给民革中央的地下党——辛亥革命元老王葆真。

然而意外却发生了，南京民革地下组织被国民党特务破获，上海民革临时工委也有人被逮捕。不久之后，王葆真也被逮捕了。然而革命元老就是革命元老，70岁的他受尽了酷刑，却依然坚贞不屈，绝口未供出郭汝瑰。

虽然郭汝瑰幸运地逃过了一劫，但是他也明白，虽然革命形势一片大好，而他本身却已经危机四伏。因此他找了个机会，辞去了第三厅厅长的职务，要去大西南当一个军长。顾祝同不知是计，反而勉励道：“汝瑰，这是啥时候了，别的军、师长都逃走了，你怎么还想当军长，这不是自讨苦吃吗？”

郭汝瑰回答道：“总账！时穷节乃现，别人总以为我是参谋，纸上谈兵头头是道，事实上不会打仗，现在我临危受命，之生死与度外，才不辜负当过的希望。”