在这次事件中，许多同志受到诬陷或株连。中直机关党委和中南海总支的一大批同志受到党纪处分；秘书室受党纪处分和被定为“思想右倾”、“立场不稳”的占该室总人数的60％。为此，杨尚昆请求处分并辞去中直机关党委书记职务，毛泽东未准。中共十一届三中全会以后，在“黑旗事件”中受诬陷或株连的同志全部得到平反——作者注）后，他就曾经正式向毛泽东辞职，说他在办公厅这么多年，工作也没有搞好，想出去做点别的工作。

毛泽东连说：“不行，不行。”毛泽东问杨尚昆：“你不当办公厅主任，让谁当啊？”杨尚昆向他推荐了胡乔木，毛泽东又连说：“他不行，他不行。”以后胡乔木知道了这件事，也对杨尚昆说，他当不了办公厅主任。杨尚昆说自己实在是想脱身啊。

但是，1965年11月中央免去杨尚昆中办主任的职务却又很突然。11月5日，彭真通知杨尚昆：中央决定调他去广东工作，任广东省委书记处书记；汪东兴任中办主任。对此，杨尚昆后来回忆说：“我虽早有预感要被撤职，但来得这么突然，确实茫茫然。”11月8日，杨尚昆向汪东兴和当时在京的中办副主任曾三、田家英、李质忠交代了工作。次日，杨尚昆写信给毛泽东，说自己在中办工作了20年，没有把工作做好，辜负了毛主席和中央同志的期望，心情很沉重，也很惭愧，感谢毛主席和中央这次给他到实际工作中去锻炼和改造的机会，今后一定尽自己的努力，全心全意地把党分配的工作做好。