虽然是国民党员，蒋经国对共产党员的印象却比对国民党员好得多，他曾回忆说：“在(莫斯科)中山大学，有部分国民党党员学生，因为行为不端，颇惹人反感。一般人有时觉得共产党员行为比较检点，作为也较有出息。”他对当时中共驻莫斯科大学支部的评价颇高，称“它的党员组织严密，并受到严格监督，而且永远遵照中央集权领导的指示行事。他们生活简朴，纪律严明。因此，我有一阵子对他们的活动产生了兴趣”。可能正因如此，到莫斯科不久，蒋经国就加入了共产主义青年团，他的团小组长是邓小平(当时名叫邓希贤)。

蒋经国曾担任学校墙报《红墙》的编委，自己也经常写稿，曾在文章中鼓吹“在中国建立起苏维埃政权”。但在关于中国革命领导权的问题上，蒋经国与中共的观点有所不同。他相信，国民党是国民革命的领导者，将在父亲的领导下统一中国，完成国民革命的任务，中共只能充当配角。

1927年，从上海传来了令人震惊的消息：国民革命军总司令蒋介石发动“四一二”反革命政变，血腥屠杀共产党人和工农群众，宣布实行“清党”，开始“反苏反共”。

作为蒋介石之子，蒋经国一下成为了矛盾的焦点。他必须立即表明自己的态度，与父亲划清界限，不能有丝毫犹豫。在中山大学举行的声讨蒋介石罪行的大会上，蒋经国跳到主席台上，激动地用俄语振臂高呼：“打倒反革命蒋介石！”同学们激动万分，把他举起来，抛到半空中，高喊：“乌拉！乌拉！(俄语，为欢呼之意)”

次日，蒋经国又在苏联《消息报》上发表公开声明：“蒋介石已经结束了他的革命生涯。作为一个革命者，他死了！他已走向反革命，并且是中国工人大众的敌人。蒋介石曾经是我的父亲和革命的朋友，他已走向反革命阵营，现在他已经是我的敌人了！”蒋经国的表现让他在苏联一下子成了万人瞩目、家喻户晓的新闻人物。许多苏联人一见到中国学生就打听：“哪一个是蒋介石的儿子？”“蒋介石的儿子在哪里？”以一睹蒋经国的容颜举止为荣。

但据蒋经国后来说，他当时对国共分裂原因的真实看法，与上述公开表态大相径庭。据说“四一二”政变发生后，他曾得出结论：“中国在1927年政局动荡，主要原因是中共领导无方，政策不智亦不周全。”