但钱沣向来就看不上和珅贪墨，并不理会比自己官大的和珅，禀公办理。国泰治鲁期间，山东的库银都快空了，得知钱沣要来，在和珅的暗中授计下，国泰向山东各地商人借银子冒充官银，以图蒙混过关。钱沣参劾国泰，是项庄舞剑，意在沛公，表面上是倒国泰，实则是衝国泰背后的和珅，因此钱沣时刻都在盯着和珅。钱沣知道和珅一定会暗中和国泰心腹联繫，钱沣便派人盯着和珅的人。

等到他们来到济南，恰巧碰上和珅心腹回京復命，钱沣立刻派人拿下，果然搜出国泰写给和珅的信。信中写明借商家银子的事情，钱沣心中就有了数。而和珅似乎也感觉到了不妙，想花钱收买钱沣，但钱沣岂是能用能收买的人，当下便拒绝了和珅。

这次查案，和珅、刘墉官大，但主审却是钱沣。钱沣请和、刘二人去藩库，当眾拆开银包查验，钱沣知道国泰的这些银子是从商家借来的，那就好办，钱沣下令商人限期来取回自己的银子，不然就要充公。商人怕吃亏，都拿着山东巡抚衙门开的凭据，来库里拿回自己的银子，没多少，本有二百多万两银子充门面的银库空空如也，国泰彻底露馅。

国泰被胜怒之下的乾隆下诏处死，和珅就是想保也保不住，没引火烧身已是万幸。至此，平素没有多少交集的二人结下梁子，和珅恨透钱沣，必欲除之而后快，但乾隆非常欣赏钱沣的刚直，和珅无从下手。一年后，钱沣出任湖南学政（相当于省教育厅长），很受乾隆器重。

钱沣在湖南期间，为公清正，简拔才俊，人皆称颂。但钱沣最想做的事，还是要扳倒天下第一贪和珅，不去和珅，天下不寧。但和珅是官场人人知晓的二皇帝，谁也不敢去得罪和珅，天底下敢与和珅正面对抗的，只有阿桂、王杰、董诰、朱珪几人而已。

钱沣见和珅专权，非常不爽，在接任湖广监察御史的时候，钱沣突然对和珅发起突然袭击，上表弹劾和珅身为军机大臣，却不在军机处当差，反而在宫里办差，其他各军机大臣也有各自的办公地。如此，则设军机处何用？钱沣甚至把和珅在宫内办公和与太监来往过密扯在一起，暗指和珅涉及宫内事务。

乾隆接受了钱沣的建议，并让钱沣稽察军机处。和珅这是慌了，但又心想，那时乾隆年纪已大，若一个不小心归西了之后，嘉庆肯定会重用钱沣来整自己，于是心理想着不如先下手为强。乾隆六十年，公元1795年，在乾隆即将归政于嘉庆的时候，钱沣突然得病，仅一个月后，钱沣就死了。

当时就有一种非常流行的说法，说钱沣已经写好了再次弹劾和珅的奏折，这份奏折共写了和珅的数十条大罪，每一条都罪该论死。只要呈上去，即使不能立刻置和珅于死地，也会让和珅在政治上惨败。但和珅不知道用了什么手段，给钱沣下了毒药，却是慢性中毒，令钱沣一个月后毒发身亡。虽然和珅搞死了钱沣，但钱沣对和珅的这份弹劾，却是嘉庆日后给和珅定罪的蓝本。可以说，和珅整死了钱沣，钱沣却在死后整死了和珅。