在1962年总结三年困难原因、寻找克服困难的办法问题上，两位伟人之间才开始发生真正意义上的意见分歧。

“四清”运动起分歧

1962年初，中央扩大工作会议（一般通称七千人大会）在北京召开，总结建国以来特别是1958年以来的成绩和经验教训，共克时艰。少奇同志在大会口头报告中，提出“三分天灾，七分人祸”这种在当时听起来颇有些刺激性的话，对毛主席来说不会是愉快的。可以说，这是两人分歧的开端。

七千人大会之后，少奇同志仍然主持中央工作，又在解决困难的措施上同毛主席产生了分歧，这就是农业生产中的包产到户问题。1962年初，田家英从湖南农村调查回京向少奇同志汇报工作，提出农村实行包产到户的意见。少奇同志表示赞同，并同意田家英向毛主席汇报。但出乎少奇同志意料，毛主席不仅没有同意包产到户的主张，而且严厉批评了田家英等人。尽管田家英汇报说是个人意见，但毛主席在同少奇同志谈话时，仍对少奇同志前一阶段在京主持工作表示不满，指责他在包产到户问题上为什么没有顶住。

毛主席从反修防修战略出发，决定在全国城乡发动一场普遍的社会主义教育运动，即“四清”运动。少奇同志对此是赞同的，随着运动的深入进行，毛主席和少奇同志主要在运动的性质和工作方法上出现了分歧。

1964年12月15日至1965年1月14日，中共中央政治局在北京召开中央工作会议。会议期间，毛主席多次对少奇同志进行不点名的严厉批评。首先是在运动的性质问题上，少奇同志的着眼点主要放在整顿基层组织的基层干部上，他虽然提出过“追上面的根子”，但仍认为问题主要在下面。毛主席更多考虑的是党内当权派会不会出修正主义的问题，反复强调阶级矛盾、阶级斗争和反修防修的严重形势。他坚定地认为，党内有产生修正主义的危险，特别是那些“当权”的腐败干部最危险。在运动的具体做法上，毛主席对少奇同志也是不满意的，后来还不点名地进行了严厉批评，主要是批评工作队搞“人海战术”、“繁琐哲学”、“扎根串联，搞神秘化”。