国民党退台之初，蒋介石政权对“台独”分子的活动均援引上述条款，以“叛乱罪”或“涉嫌台独”等罪名予以严厉打击，毫不手软。林熊祥、许丙之流追随日本侵略分子从事“台独”活动被破获并被判刑。此后，岛内“台独”分子的活动主要表现为借“台独”来反抗国民党的白色恐怖统治。国民党当局毫不手软，至20世纪60年代末，在岛内破获多起“台独”案件，被捕者多达数千人，其主要“台独”案件有：

其一，“台湾再解放联盟台湾支部案”。台湾“农复会”英语翻译黄纪南接受廖文毅的“台独”理念，于1949年3月与廖文毅侄子廖史豪秘密成立了“台湾再解放联盟台湾支部”。因其“台独”活动被警方注意，翌年5月下旬该支部7名成员先后被捕，均因“参加叛乱组织或集会”被军法处起诉并判刑。

其二，高雄“台湾共和党”案。高雄黄阳辉受廖文毅指令，于1958—1959年秘密组建“台湾共和党”。该党计划短期内在台湾制造小规模骚乱，为兵变做准备，10年内发动兵变，夺取政权。至1959年底，黄阳辉等三十多人被捕，并被处以重刑。

其三，廖启川事件。1961年9月17日，廖启川、孙秋源因涉嫌反国民党和主张“台独”，分别在台北家中被台湾“警备总部”逮捕。

其四，苏东启事件。1961年9月19日，云林县“议员”苏东启夫妇以“涉嫌叛乱”罪被逮捕。苏东启为云林县“议员”，曾参加云林“县长”选举。落选后，与省“议员”李万居一起参加“中国民主党”筹组工作。因当时云林县人詹益仁，林东铿密议组织反对国民党的组织，图谋“台湾独立”，故拉有声望的苏东启加入，并担任领导，以扩大影响力。