瓦剌，后来被称为“卫拉特”，也叫“漠西蒙古”，他分为四部分，分别是：和硕特、准噶尔、杜尔伯特、土尔扈特。其中，土尔扈特因为与和硕特有矛盾，曾经率部出走到伏尔加河。后在乾隆年间东归，被安置在新疆和外蒙。鞑靼，后来分成了“漠南蒙古”和“漠北蒙古”两部分。漠南蒙古，包括科尔沁，察哈尔，土默特，乌拉特等部，其中，察哈尔部是忽必烈黄金家族的传人，手握传国玉玺。漠北蒙古，包括车臣汗、土谢图汗、三音诺颜、札萨克图四部分。蒙古的第三十五任大汗，林丹汗，就是察哈尔部的首领，但是，他这个大汗是有名无实，根本指挥不动其他部落，因为在与明朝的贸易中和科尔沁争夺利益，因此，科尔沁首先选择投靠后金，以对抗林丹。

对于科尔沁的投靠，后金是大大的欢迎，双方娶妻嫁女，是一片祥和，在清朝初期，科尔沁女人一度霸占了大清的后宫，著名的孝庄太后，就是科尔沁大草原的美女。

林丹选择了投靠大明，与后金作对，为了给亲家撑场子，皇太极三征察哈尔，最终林丹死在了青海，他的八个老婆带着孩子，传国玉玺投靠了皇太极。皇太极和他的兄弟儿子们一起瓜分了这八个女人。得到传国玉玺的皇太极，改后金为“清”，正式登基为“大清皇帝”。至此，皇太极搞定了整个漠南蒙古。漠西蒙古和漠北蒙古，看到皇太极这么生猛，也主动称臣纳贡，但是，他们之间的关系非常的淡，仅仅是一种表面的称臣，独立性很大。皇太极费这么大劲儿搞定蒙古，可不单单是为亲家撑场这么简单，因为当时他们急于向关内发展，但是被山海关阻隔，又有袁崇焕的关宁防线，始终无法突破，因此，皇太极才打算借道蒙古南下，绕过山海关。别说，还真让他做到了，1629年，皇太极从蒙古借道，绕过山海关，从喜峰口南下，一直打到了北京城下。这下打了袁崇焕一个措手不及，赶紧带人回援，在城外和皇太极恶战一场。最后袁崇焕虽然把皇太极打跑了，但是却让崇祯颇为恼火，让你防后金，结果人家都打到了家门口，要不是北京城墙够高够厚，说不定都打进来了。皇太极这一闹，虽然没有打进北京，但是却让崇祯杀了袁崇焕。1676年，漠西蒙古准葛尔部的“噶尔丹”，统一了漠西蒙古各部，建立“准葛尔汗国”，算是脱离了大清，自立为王。不但如此，他还四面出击，攻打漠北蒙古的三部。漠北蒙古再次向大清求救，条件就是彻底当大清的“藩属”，康雍乾三朝出兵搞定了准葛尔，把漠西蒙古纳入大清版图，乾隆给这块地方取名叫“新疆”，寓意着“新收纳的疆域”。至此，蒙古已经全部纳入大清的版图，成为大清的一部分。

但是，对于这些蒙古部落，大清给的待遇可是不一样的，同样是蒙古人，有的是内属蒙古，有的是外藩蒙古。所谓内属蒙古，就是大清直接派副都统过来管理，比照大清的子民，设置八旗，也就是我们俗称的“蒙八旗”，算是大清的亲儿子。