“文化大革命”初期，贺龙在元帅中最先受到冲击。1966年12月28日，贺龙最后一次参加中央政治局会议。年底，体育系统的造反派捣乱，周恩来建议贺龙到中央办公厅管理的新六所暂住。这时解放军政治学院的造反派要揪斗贺龙，贺龙的夫人薛明三次向周恩来告急后，夫妇俩躲进中南海。周恩来正在人民大会堂开会，叫他们留在西花厅，暂不要回家。但很快，周恩来也保不住贺龙了，1967年1月20日凌晨，贺龙被关进西山。

1968年3月26日，贺龙病倒，脑缺血失语，住院几天后出院。1969年6月9日早晨，贺龙再次被送进医院，六小时后去世。专案组6月11日的报告称：经多方全力抢救无效而死。没有哀乐，没有花圈，没有党旗，只有一条白床单。夫人薛明和子女贺捷生。贺鹏飞。贺晓明不知道贺龙的骨灰存放何处。专案组以王玉的名字将贺龙悄悄火化。

1971年5月17日，专案组写出贺龙“罪行”的审查报告，提出“开除党籍。军籍”，定为“党内军内通敌分子”。“篡军反党分子”。“九一三”事件后，这个结论不了了之。1973年12月21日，八大军区司令员调动，毛泽东在军委常委扩大会上说要为贺龙平反。1974年9月4日，毛泽东问，贺龙恢复名誉搞好了没有。不要核对材料了。1974年9月29日，中共中央发出25号文件，为贺龙恢复名誉，但仍写有审查是必要的。

1975年6月9日，贺龙逝世六年，经中共中央批准，在八宝山革命公墓礼堂一室举行贺龙骨灰安放仪式。覆盖着鲜红党旗的骨灰盒镌刻着贺龙的生平，编号81。灵堂正中挂着贺龙遗像，四周摆满党和国家领导人以及各界送的花圈。军委办公厅和殡葬处轮流守灵。

左臂戴着黑纱的周恩来一进大厅就大喊：薛明呀，我没有保住他呀！叶剑英把中央军委主持追悼会改成由邓小平主持，并请周恩来致悼词。周恩来含泪向贺龙遗像鞠了七个躬，说贺龙是一个好同志，他的逝世，是我党我军的重大损失。

1982年10月16日，中共中央发出《关于为贺龙同志彻底平反的决定》，高度评价了贺龙的一生，推翻对贺龙的一切不实之词，并为所有受贺龙案株连的人彻底平反。